刘牢之得知这一变故后惊恐万分，深知自己已陷入绝境。走投无路之下，他想到了拉刘裕入伙，一同前往广陵起兵造反。然而，刘裕经过深思熟虑后，认为此时桓玄刚打下京师，正是风头无两、士气如虹之际，若贸然行动，只怕是以卵击石，难以成功，于是果断地拒绝了刘牢之的邀请。话说那刘牢之发起起义之后，由于种种缘故渐渐失去了民心，这使得他内心愈发惶恐不安。日子一天天过去，这种恐惧与日俱增，最终竟令其走上了绝路——自缢身亡。
此时的何无忌茫然无措，完全不知应当去往何处。思来想去，他决定向刘裕请教一番。刘裕经过深思熟虑后说道：“现今桓玄骄纵蛮横、自以为是，想必一定会启用我们这些可用之人。依我之见，不如你我一同返回京口。倘若桓玄能够谨遵臣子之道，顺从当今圣上，那么咱们便归降于他；可要是他胆敢肆意妄为，不把皇上放在眼里，那咱俩就联手起来共同讨伐这个乱臣贼子！”
果不其然，桓玄派遣他的堂兄桓修去镇守丹徒，而刘裕则被委以重任，担任起了中兵参军一职。
时间来到元兴二年（公元 403 年）的十二月，桓玄终于按捺不住野心，一举夺得了皇位。刘裕也只得跟随桓修入朝觐见新皇。当桓玄亲眼见到刘裕时，心中不禁暗暗惊叹：此人气度非凡，实乃人中豪杰啊！正因如此，桓玄对刘裕更是恩宠有加。
然而，桓玄的妻子刘氏却有着一双慧眼，善于识别人才。她屡次告诫桓玄说：“那刘裕言行举止间皆透露出一股非凡之气，绝非甘心久居人下之辈。您还是趁早想办法将他铲除，以免日后养虎为患呐！”但桓玄一心想着借助刘裕的才能去攻占中原地区，故而并未采纳妻子的谏言。同时，桓玄称帝后为消除隐患，瓦解北府兵，大力剿杀北府兵旧将，北府军几乎遭到灭顶之灾。
正在桓玄盘算之际，刘裕也在暗中计划讨伐桓玄。他召集何无忌、刘毅等人在广陵（今江苏扬州）、历阳（今安徽和县）、京囗、建康准备随时起事。元兴三年（404年）二月，刘裕以打猎为名，召集北府兵残余的人马在京口起义，歼灭了桓楚在京口的兵力，杀死桓修。随后众人推举刘裕做盟主，并将消息传达出去，各个地方纷纷响应。得知刘裕起义后，桓玄每天忧心忡忡，想不出办法来应对。有人认为不必担忧力量弱小的刘裕等人，桓玄却称赞刘裕是雄才，他认为刘毅家无多少储蓄，却大方捐出百万；何无忌和他舅舅刘牢之也很像，他们联合起来共举大事不是没有可能成功。 桓玄先派手下猛将吴甫之和皇甫敷率精兵抵御刘裕，结果都被刘裕打败并杀害。三月，刘裕攻打覆舟山，并派遣弱兵登山，拿着旗帜分别在不同的道路上行走，营造出四周有很多士兵的假象；而又因桓玄守军里很多原本是北府军，面对刘裕时都没有战斗的欲望，刘裕于是带领全军以火攻大败桓玄的守军，而桓玄也被逼弃城往西逃跑 。
小主，
掌领朝政
元兴三年（公元 404 年），注定是不平凡的一年，这一年里风云激荡，局势变幻莫测。时间来到了三月壬戌日（即 3 月 31 日），对于刘裕而言，这一天无疑是其人生旅程中的一个重要转折点。
在那个时代，权力与地位的争夺激烈异常。然而，正是得益于王谧等一批有识之士的大力举荐和支持，刘裕才获得了难得的机遇，得以登上历史舞台的中央。他被委以重任，出任使持节一职，这个职位赋予了他巨大的权力和责任。不仅如此，他还兼任都督扬州、徐州、兖州、豫州、青州、冀州、幽州、并州这八个州的全部军事事务，成为掌控一方兵权的要员。与此同时，他又获封镇军将军及徐州刺史之职，可谓集军政大权于一身。
自这一刻起，刘裕犹如一颗冉冉升起的璀璨明星，闪耀在东晋末期的天空之上。他手中紧握的军事重权，让他成为各方势力瞩目的焦点。然而，当时的东晋末年却深陷政治乱局之中。朝廷之内，百官们肆意妄为，放纵不羁，全然不顾纲纪国法；而在民间，各个行业也因疏于有效管理而日渐衰败，秩序荡然无存。面对这般混乱景象，桓玄也曾试图力挽狂澜，整肃不良风气，但无奈众人对他的政令置若罔闻，使得改革之举举步维艰。
然而，刘裕的出现却给这个混乱的局面带来了一丝转机。他以身作则，凭借着自身强大的威严来约束宫廷内外的人们。那些原本懒散怠工的官员们，在感受到刘裕的严厉之后，纷纷开始认真对待自己的工作。令人惊讶的是，仅仅只用了短短的两三天时间，整个社会的风气竟然发生了翻天覆地的变化！
刘裕成功进入建康城之后，并没有停下他前进的脚步。他迅速派遣手下得力部将对桓玄展开追杀行动，誓要将其彻底铲除。与此同时，晋安帝也终于在江陵得以复位，重新登上了皇位。但事情并未就此结束，尽管桓玄已败走逃亡，可在荆州一带仍然残留着桓氏家族的势力。桓玄之子桓振与藏匿于沮川的桓谦二人，不甘心就这样失败，他们暗中重新召集起了数千人马，气势汹汹地朝着江陵进发，企图夺回失去的一切……直至义熙元年（405年），刘毅等人才收复江陵，驱逐了桓氏势力，并迎安帝返回建康，从此彻底平定了桓氏之乱。
义熙元年（405年）三月，刘裕因其功绩被晋安帝提拔为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。刘裕却多次推辞晋安帝授予他的官衔，并且回镇丹徒。安帝不得已，只能加授刘裕都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州军事，与之前的九州叠加，共都督十六州诸军事 。同年，刘裕派遣使者到后秦，使得后秦皇帝姚兴归还了之前占领的淮北十二郡。义熙二年（406年）三月，刘裕加督交、广二州。十月，刘裕上书为西征桓氏众将士请功。于是经朝臣疏奏，作为“唱义谋主”，立下“匡复之功”的刘裕被封为豫章郡公，食邑一万户，获赏绢三万匹 。他的僚佐规格仅次于原太傅谢安府。十一月，安帝重申前诏，加刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司，却被刘裕一再推辞，这才作罢。
义熙四年（408年）正月，因与自己关系亲密的王谧已在去年十二月逝世，朝中无人，刘裕听从幕僚刘穆之的建议入朝辅政，获授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，兼徐兖[yǎn]二州刺史 ，掌握朝政大权。
东晋自偏安以来一直面临着北方的威胁，刘裕想出师北伐以建功立业，于是上表皇帝主张北伐， 朝廷同意了他的要求。义熙五年（409年）四月，刘裕大军由淮河入泗水（今江苏淮阴西南）；五月，到下邳（今江苏睢宁西北）。刘裕下令把船只、辎[zī]重留下，军队改走陆路步行到琅琊（今山东胶南县西南夏河），沿路的重要关口，都筑城派兵防守来抵御南燕军的袭击。在临朐（今属山东）东南，有地形险峻的大岘关（今山东一水县北穆陵关），但是南燕主慕容超自大轻敌，拒绝采纳大臣公孙五楼关于派兵扼守大岘的策略，而让刘裕军队轻易越过大岘山。刘裕入岘后，认为军队已过险要之处，每个人也都有决死之心，并且不用担心缺粮的问题，征伐南燕必然胜利。
义熙五年（409年）六月，慕容超派左军段晖、辅国贺赖卢等六将领率领步骑五万，进据临朐。等到刘裕大军压境，就只留下老弱人马防守广固，其余兵力都用来抵抗刘裕大军。临朐城旁有巨蔑河，离城大约有四十里，战略位置很重要，慕容超派遣公孙五楼前去占领，但是被晋军龙骧将军孟龙符抢先一步占据。随即两军在临朐以南大战。七月，刘裕被朝廷任命为青、冀二州刺史。人心更加归向，连慕容超的大将垣遵、垣苗也率兵归顺于他。慕容超派尚书朗张纲以称藩为条件，请求后秦来救援。
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义熙五年（409年）七月，后秦主姚兴派卫将军姚强率兵一万，与洛阳守将姚绍汇合共救南燕。并遣使警告刘裕称后秦在洛阳屯聚了10万兵，如果晋军不还，就会长驱而入。刘裕看穿了姚兴的虚张声势，没有理会。不久，姚兴被夏主刘勃勃击败于贰城。慕容超长时间困在广固，没有看到后秦的援兵，渐渐失去与刘裕抗衡的信心。他提出以献出大岘山以南为条件向东晋称藩求和，但被刘裕拒绝。刘裕统领军队日夜攻城，河北人民也拿起武器背着粮食，纷纷前来援助晋军。
义熙六年（410年）二月，南燕贺赖卢、公孙五楼率军挖地道出击晋军，被击败，退回内城。刘裕乘机四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻入广固内城。慕容超带领数十骑兵突围逃跑，被晋军追上并抓住，送到建康后被斩首，南燕灭亡。入城后，刘裕以广固一直不投降为理由，杀光了王公以下的三千人来泄愤。
铲除异己
刘裕于义熙七年（411年）班师回到建康，受太尉、中书监职位。次年（412年）四月，刘裕任命刘毅担任荆州刺史。刘毅不服刘裕，便拉结朝中有声望的人，把大部分豫州府属及江州上万人的军队都带去荆州，到任后又重新调度荆州郡县，更以患病为借口请堂弟刘藩去做他副手。刘裕知道刘毅有异心，于是假意答应他的请求，等到刘藩从广陵入朝时以图谋不轨的罪行将二人赐死，接着率领人马从建康出发讨伐刘毅。先锋王镇恶将刘裕招抚城内士兵和百姓的消息散布在城内，使得城中民众失去斗志。等到接近傍晚时，刘裕派王镇恶火烧城门，全军进攻击溃刘毅，刘毅自缢而亡。刘裕随后进军江陵，诛杀刘毅亲信郗僧施，消灭了刘毅势力。刘裕到江陵后，看到百姓因赋税劳役难以为生，便下令减免税役，放还原本要被征发上战场的奴隶，并推广到全国。
刘裕攻打刘毅时曾让诸葛长民守留府事，但诸葛长民得知刘毅败死后意图作乱，刘裕回建康时故意拖慢进度，让诸葛长民连续多日都等不到刘裕，然后乘船突然进城到官邸东府。诸葛长民得知刘裕突然归来后上门拜访，刘裕暗中设下埋伏，等到诸葛长民放松戒备时让手下将其杀害，接着又杀了诸葛长民的弟弟诸葛黎民等人。刘裕随后接掌了诸葛长民的镇西将军、豫州刺史等职，至此铲除了在京口的异己势力。
义熙八年（412年）十二月，刘裕赏识朱龄石的才能而不顾反对和非议，坚持将朱龄石越级提拔为益州刺史，派他率军二万讨伐谯蜀。刘裕曾和朱龄石讨论作战策略，认为谯蜀会鉴于上次晋军伐蜀是从内水攻蜀而猜想这次会出其不意再次从内水进攻。刘裕认为谯蜀会派重兵驻守涪城（今四川绵阳市涪城区），于是让晋军主力通过外水进攻成都，派疑兵进军内水。为防止军情泄露，刘裕将一封密函交给朱龄石，特别嘱咐他到白帝后才可以打开，所以晋军主力从江陵出发后一直都不知沿着哪条路线进军，谯蜀更没办法探知刘裕的作战意图。而谯蜀后来果真和刘裕想的一样，在内水设置了主力防备。义熙九年（413年），刘裕成功消灭谯蜀，收复了巴蜀地区。刘裕灭蜀后，下令减轻各地劳役，让百姓得以休养。