次日，在萧鸾的掌控之下，那份正式的皇太后诏令得以宣读，宣告废除皇帝，并改立皇帝的弟弟新安王萧昭文为新君。话说这徐孝嗣，因其积极参与了废立之事，朝廷对他予以重赏。先是将其封为枝江县侯，赐予食邑多达一千户。不仅如此，还给予了他极为特殊的待遇——赏赐鼓吹队一部以及允许甲仗五十人随其入宫。随后，徐孝嗣官运亨通，很快就转任成为散骑常侍和尚书左仆射。
就在同一年的十月，萧鸾再次出手废掉了萧昭文，自己登上皇位，成为了齐明帝。齐明帝念及徐孝嗣之功，对他再度加封晋爵。徐孝嗣被加授侍中之职、中军大将军之衔，同时进封为枝江县公，食邑更是增加到两千户。此外，还赐予给他班剑队二十人以及加派士兵百人跟随左右的优厚待遇。
时间来到建武二年（公元 495 年），由于北魏大军来势汹汹，发起猛烈进攻，明帝紧急下诏命令徐孝嗣持节出征，前往新亭驻守防御。在建武四年（公元 497 年）的时候，王晏不幸遭到明帝诛杀。没过多久，徐孝嗣更进一步，晋升为尚书令，并兼任本州的中正一职。到了建武五年（公元 498 年），徐孝嗣荣宠更甚，被加授开府仪同三司的尊号。此后不久，徐孝嗣鉴于当时与北魏之间频繁爆发战争这一现状，深思熟虑之后毅然向朝廷呈上一份极具建设性的奏折。在这份奏折当中，他明确指出应当在与北魏交界的徐州、兖州、司州、豫州、荆州以及雍州这六个重要地区推行屯田制度。
按照他所提出的方案，各州刺史需要肩负起一项至关重要的责任——精心挑选出适宜开垦耕种的土地资源。与此同时，还需充分调动当地的士兵和将领参与到农业生产之中。不仅如此，在选择农作物品种时也要因地制宜，根据各个地区不同的气候条件和季节特点，有针对性地种植那些能够茁壮成长且产量可观的作物种类。
如此一来，通过实施这项屯田制度，不但可以显着增加粮食的供应量，有效保障军需补给；而且还有望大幅减轻从南方运输粮食前往前线所面临的沉重压力，从而进一步提升军队的作战能力和后勤保障水平。
明帝在阅览过这份奏折后，对徐孝嗣的提议表示高度认可并且予以采纳。然而令人惋惜的是，那个时候明帝已然身患重病，身体状况每况愈下。再加上边境战事始终处于胶着状态，连绵不绝，因此尽管这一提议得到了皇帝的首肯，但最终还是未能得以真正贯彻落实。
时光匆匆流逝，转眼间便来到了永泰元年（公元 498 年）。就在这一年，明帝不幸与世长辞。临终之前，他留下一道遗诏，指定徐孝嗣凭借其现有的官职担任中书监一职，并且将其列为托付后事、辅佐新君的众多重臣之一。太子萧宝卷即位之后，朝中局势风起云涌。徐孝嗣与刘暄、江祏、江祀、始安王萧遥光以及萧坦之这六位顾命大臣，肩负着辅佐新帝治理国家的重任。他们每日轮流当值理政，一时之间权倾朝野，时人皆称之为“六贵”。
然而，尽管表面上风光无限，但实际上这些顾命大臣们却面临着重重困境。尤其是对于皇帝萧宝卷提出的各种无理要求，徐孝嗣显得有些无力招架，他往往无法坚决地予以拒绝或抵制。相比之下，萧坦之的态度则较为摇摆不定，时而顺从皇帝的旨意，时而又站出来表示反对。而江祏则一直试图对皇帝加以制约，这种做法自然引起了萧宝卷的极度不满。
与此同时，江祏兄弟和刘暄等人眼见皇帝日益失德，行为乖张荒诞，便萌生出了废掉皇帝另立新君的念头。然而，由于各方利益难以协调一致，他们始终犹豫不决，迟迟未能下定决心。就在众人相互争执、举棋不定之时，他们的密谋竟然不慎泄露出去，最终导致江氏兄弟在永元元年（公元 499 年）惨遭诛杀。
江氏兄弟的死讯传来，整个朝堂为之震动。萧遥光和徐孝嗣二人更是惶恐不安，如坐针毡。到了永元元年八月丙辰日（公元 499 年 9 月 3 日），原本萧宝卷打算任命萧遥光为司徒，并让他返回自己的府邸。但此时的萧遥光早已风声鹤唳，草木皆兵，他深知此番进宫领旨极有可能是有去无回，于是心生恐惧，不敢贸然入宫。于是就在当天率先发动了起兵叛乱这一惊天动地的举动，消息传到宫中，萧宝卷急忙召见徐孝嗣以及其他一众官员入宫守卫皇宫和各个城门，并另外派遣萧坦之前去征讨萧遥光。经过一番激烈的战斗之后，萧遥光的叛乱很快便被成功地平定下来。而在此之后没多久，徐孝嗣因功得到晋升，荣升为司空一职。
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然而，尽管位高权重，但徐孝嗣内心深处却始终无法安定下来。原来，在叛乱发生期间，他曾经试图寻找机会与沈文季共同商讨应对之策，可是令人遗憾的是，沈文季似乎一直在刻意回避这个话题，使得两人之间的交流难以深入开展。不仅如此，当他获得司空这一高位之后，更是多次推辞谦让，表示自己无意担任此职，甚至还请求辞去丹杨尹这一职务，只可惜这些请求都未能得到应允。
更为糟糕的是，当时统领军队隶属于徐孝嗣麾下的虎贲中郎将许准，曾经积极地游说着徐孝嗣，认为眼下正是起兵废掉昏庸无道的萧宝卷、另立新君的绝佳时机。面对这样极具诱惑力的提议，徐孝嗣却表现得犹豫不决，迟迟未能下定决心采取实际行动。与之形成鲜明对比的是，萧宝卷之所以一直没有对徐孝嗣动手，仅仅只是因为觉得他身为一介文官，而且其政治立场并不明确。但是，萧宝卷身边那些得势的宦官和宠臣们可不会轻易放过徐孝嗣，他们不断地在皇帝耳边进谗言，极力劝说萧宝卷除掉徐孝嗣以绝后患。同年十月乙未日（公元 499 年 12 月 11 日），深秋的寒风裹挟着丝丝凉意，吹过华林省那巍峨的宫殿。这一天注定成为历史长河中的一个重要节点。