就在柯南感到无奈的时候，灰原哀出现了。灰原哀带来了一些重要的线索，证明了柯南和神谷真的清白。

原来，灰原哀一直在暗中调查匿名信件的事情。她发现这些信件和一个曾经被摧毁的邪恶组织有关。这个组织一直在进行一些非法的人体实验，而柯南和他的朋友们可能成为了他们新的实验对象。

“看来我们的敌人比我们想象的还要强大和邪恶。”柯南说道。

神谷真在一旁听着，脸色变得十分难看：“没想到事情会这么复杂。”

柯南看着神谷真：“神谷真，我现在想问你，你到底是什么人？为什么会突然出现在学校，又为什么要帮我？”

神谷真沉默了一会儿，然后缓缓说道：“其实，我是一个秘密组织的成员。这个组织一直在对抗那些邪恶势力。我接近你，是因为我们组织发现你被一个危险的组织盯上了，我们想保护你。”

柯南心中充满了疑惑：“我怎么能相信你？”

神谷真拿出了一个徽章：“这是我们组织的标志，你可以去调查一下。我们组织的宗旨就是维护正义，保护无辜的人。”

柯南接过徽章，他决定暂时相信神谷真。

最终对决与真相揭晓

在灰原哀和神谷真的帮助下，柯南终于找到了匿名信件的幕后黑手——一个名叫“暗夜之影”的邪恶组织。这个组织的首领是一个疯狂的科学家，他企图利用柯南和他的朋友们进行一场可怕的实验，以实现他统治世界的野心。

柯南、灰原哀、神谷真和警方一起制定了一个计划，准备一举捣毁“暗夜之影”组织。

在一个深夜，他们来到了“暗夜之影”组织的秘密基地。基地里戒备森严，但他们凭借着智慧和勇气，成功地突破了防线。

在基地的核心区域，他们找到了“暗夜之影”组织的首领。首领看到他们，露出了狰狞的笑容：“你们终于来了，我等你们很久了。”

“你的阴谋不会得逞的！”柯南喊道。

双方展开了激烈的战斗。在战斗中，柯南发现首领的身边有一个神秘的装置，这个装置似乎是整个实验的关键。

“不能让他启动那个装置！”柯南喊道。

神谷真和灰原哀一起，与柯南并肩作战，终于成功地阻止了首领启动装置，并将他制服。

随着首领网的落，“暗夜之影”组织也被彻底摧毁。柯南和他的朋友们成功地摆脱了危险。

案件后的平静与展望

经过这一系列的事件，柯南和他的朋友们都松了一口气。学校又恢复了往日的平静，同学们的生活也回到了正轨。

柯南对神谷真也有了更多的了解，他发现神谷真确实是一个值得信任的人。神谷真也成为了柯南的好朋友，他们一起继续守护着米花町的和平。

“这次的事件真是太惊险了，不过我们成功地解决了危机。”柯南对灰原哀说道。

灰原哀点了点头：“是啊，但我们不能放松警惕，这个世界上还有很多未知的危险等待着我们。”

柯南坚定地看着远方：“不管遇到什么困难，我都会一直守护大家的。”

在夕阳的余晖下，柯南和他的朋友们的身影显得