万历四十一年(1613年)，马千乘被太监邱乘云诬告，病死于云阳的监狱。

秦良玉于是代领马千乘的职位。

泰昌元年(1620年)，后金入侵辽东，朝廷诏令秦良玉出兵援助。

秦良玉派兄长秦邦屏，弟弟秦民屏率领几千人先前往。

朝廷赐秦良玉三品官员的服饰，并任命秦邦屏为都司佥书，秦民屏为守备。

剿平叛乱

天启元年(1621年)，后金包围重镇沈阳，秦邦屏、秦民屏随总兵童仲揆渡浑河与清军血战。

秦邦屏战死沙场，秦民屏突围而出。

秦良玉于是亲率三千前往直抵榆关(今河北省山海关)，所经过的地方秋毫无犯。

明熹宗下诏给秦良玉加二品官员服饰，并封秦良玉为诰命夫人，封秦良玉儿子马祥麟为指挥使。

秦良玉上言秦邦屏的死状，请求从优抚恤。

兵部尚书张鹤鸣进言浑河血战斩获敌人首级数千，实际上是石柱、酉阳两地土司的功劳。

建议朱由校厚待秦良玉家的家人。

朱由校于是下令赠秦邦屏都督佥事，子孙世袭，并且与陈策等人一同立祠祭祀，秦民屏官进都司佥书。

同年九月，兵部让秦良玉再回乡征兵二。

秦良玉与秦民屏回乡后，恰逢永宁(今四川省叙永县)宣抚使奢崇明在重庆造反。

其部将樊龙派遣使者带着金银和丝绸，前来想与秦良玉结盟。

秦良玉将使者斩杀，立即发兵率领秦民屏及秦邦屏的儿子秦翼明、秦拱明逆流西上。

渡过重庆城，乘敌不备，直达重庆南坪关，断贼归路。

秦良玉设伏兵袭击两河，将敌人的船只烧毁。

而后秦良玉分兵守忠州，派快马带檄文至夔州，要求当地驻军赶紧防守瞿塘峡上下游地段，击退入侵的贼兵。

秦良玉上表秦民屏的战功，朝廷升秦民屏为参将，秦翼明、秦拱明为守备。

天启二年(1622年)，奢崇明包围成都，四川巡抚朱燮元传令秦良玉前去征讨。